Исторически криптография применялась с одной единственной целью: сохранить секрет. Даже письменность была также своего рода шифрованием, например в Древнем Китае, только высшие круги общества могли обучаться письму и чтению.
Считается, что впервые криптография начала применяться в Египте, там были обнаружены надписи, сделанные необычными иероглифами примерно в 1900 году до нашей эры.
В свою очередь в Месопотамии были созданы дощечки на которых была зашифрована формула изготовления керамической глазури (1500 год до нашей эры), а у евреев существовал свой шифр ATBASH (500-600 года до нашей эры).
Много свидетельств сохранилось о системах шифров применяемых в Древней Греции, известно, что в Спарте в V–IV веках до нашей эры существовала тайнопись. Со времен войны Спарты против Афин в пятом веке до нашей эры стал известен шифр «Скитала».
Для его реализации применялся скитала – жезл, который имел цилиндрическую форму. На скиталу виток к витку наматывалась узенькая лента из папируса (без нахлестов и просветов), а потом на этой ленте вдоль оси жезла-скиталы записывался открытый текст. Лента разматывалась и для непосвященных получалось, что поперек ленты в беспорядке написаны буквы.
Затем лента отправлялась адресату. Адресат, в свою очередь, брал такой же жезл-скиталу, таким же образом наматывал на него полученную ленту и читал сообщение вдоль оси скиталы. Заметим, что в этом шифре преобразование открытого текста в шифрованный заключается в определенной перестановке букв открытого текста. Поэтому класс шифров, к которым можно отнести и шифр «Скитала», называют шифрами перестановки.
Следует отметить, что в Древней Греции криптография широко использовалась в различных областях деятельности. Так, Плутарх писал, что жрецы хранили свои прорицания в форме тайнописи.
Но наиболее широкое применение криптография получила в гос. сфере. Во все времена криптография была одним из главных орудий в межгосударственной борьбе, надежным средством сокрытия дипломатических, политических, экономических и других секретов государства, с одной стороны, и средством проникновения в секреты государства-противника с другой.
Эней в своем сочинении «Об обороне укрепленных мест» предложил использовать для шифрования военной переписки книжный шифр, в котором буквам открытого текста соответствовали буквы, находящиеся на определенных местах в являющемся ключом в книжном тексте. Эта система шифра оказалась очень долговечной, она применялась даже в середине двадцатого века, в период Второй мировой войны.
За 2-а века до н. э. греческий историк и писатель Полибий изобрел так называемый полибианский квадрат размером 5х5, заполненный алфавитом в случайном порядке. Для зашифровки на квадрате находили букву текста и вставляли в шифровку нижнюю от нее в том же столбце. Если буква была в нижней строке, то брали верхнюю из того же столбца.
Криптография сыграла важную роль в укреплении могущества Римской империи. В частности, особенная роль в обеспечении государственной тайны принадлежит новому способу шифрования, изобретенному самим Гаем Юлием Цезарем и изложенному им в знаменитых «Записках о галльской войне» (I в. до н. э.).
В шифре Цезаря каждая буква в открытом тексте смещается на три позиции так, что буква «А», например, замещается буквой «D». Буква «В» замещается буквой «Е» и так далее. Конец алфавита замыкается на его начало так, что буква «X» замещается буквой «А», а буква «Y» – буквой «В», «Z» – «С». Поскольку каждый конкретный символ здесь замещается также конкретным одиночным символом, этот шифр относится к категории моноалфавитных.
В IV в. до нашей эры Римляне, чтобы упростить процедуру шифрования, начали применять шифрующие диски. Каждый из двух дисков, помещенных на общую ось, содержал на ободе размещенный в случайной последовательности алфавит. Найдя на одном диске букву текста, с другого диска считывали соответствующую ей букву шифра. Такие приборы, порождающие шифр простой замены, использовались вплоть до эпохи Возрождения.